Σύμφωνα με την παράδοση, ένας ναυαγός (ΙΣΤ΄ αι.) περίπου το 1550, βρισκόταν στον Κορινθιακό Κόλπο, όπου έβλεπε μέσα στο σκοτάδι ένα φως, το οποίο τον παρέπεμπε ότι η στεριά ήταν κοντά. Το φως αυτό, τον γέμισε με θάρρος και κατέβαλε όλες του τις δυνάμεις προκειμένου να βρεθεί γρήγορα στη στεριά. Φθάνοντας τελικά έξω από τη θάλασσα, ακολούθησε αυτή τη λάμψη φωτός, καθώς ήταν περίεργος να δει τι ήταν αυτό που τον βοήθησε και τον έσωσε.
Έκπληκτος λοιπόν, βρέθηκε μπροστά σε μια εικόνα, την εικόνα της Παναγίας, την οποία εικάζεται ότι φιλοτέχνησε ο Ευαγγελιστής Λουκάς, ενώ στο ίδιο σημείο έκαιγε κι ένα καντήλι. Ο ναυαγός λοιπόν, διέθεσε την πρώτη οικονομική βοήθεια, ώστε να κτισθεί ο πρώτος ναΐσκος στο σημείο.
Η Παναγία, αποτελεί προστάτιδα των πιστών της περιοχής και πολιούχος της πόλης. Λόγω του πλήθους των θαυμάτων που πραγματοποιεί η Χάρις της Θεοτόκου, ο Ναός εδραιώθηκε ως Πανελλήνιο Προσκύνημα, στο οποίο συρρέουν χιλιάδες πιστοί από όλη την Ελλάδα.
Ο Ιερός Ναός διαθέτει μια μοναδικότητα σε σχέση με διάφορα άλλα θρησκευτικά μνημεία. Βρίσκεται 30 μ. περίπου πάνω από την επιφάνεια της θάλασσας. Ο τρόπος που παντρεύεται η τεχνική ομορφιά του κτίσματος με το φυσικό κάλλος του περιβάλλοντος του σημείου είναι κάτι παραπάνω από αξιοθαύμαστος.
Το όνομά της «Τρυπητή», οφείλεται στο γεγονός ότι ο Ναός είναι κτισμένος σε βραχώδες σπήλαιο μεγάλη «τρύπα». Ένα πραγματικό στολίδι που κοσμεί την περιοχή του Αιγίου και την κάνει γνωστή σε Πανελλήνιο επίπεδο. Κατά το β’ μισό του 19ου αι. ολοκληρώθηκε η σημερινή μορφή του προσκυνήματος. Για να φτάσει κανείς στο Ναό, θα πρέπει να ανέβει την πέτρινη σκάλα με τα 150 σκαλοπάτια, η οποία είναι μνημειακή κι έχει ένα ιδιαίτερο αναγεννησιακό στυλ. Υπάρχει και μια δεύτερη επιλογή, να ανέβει δηλαδή από τον Κυπαρισσώνα.
Όποιος ανέβει και πλησιάσει το Ναό, θα παρατηρήσει το Ασκητήριο του Καπετάνιου- Ναυαγού που βρήκε την εικόνα, εντός του βράχου σε ένα μικρό σπήλαιο 3μ. μήκος, 2μ. πλάτος και 2μ. ύψος. Διάφοροι περτεχνοι κήποι κοσμούν τον περιβάλλοντα χώρο και χαρίζουν σαγηνευτική θέα στον Κορινθιακό Κόλπο. Αρχικά, είχε αποφασιστεί ο Ναός να οικοδομηθεί αρκετά ανατολικότερα από το σημείο που βρέθηκε, ωστόσο το βράδυ που ξεκίνησαν οι εργασίες, έλαβε χώρα μια έκρηξη και ο χώρος διαμορφώθηκε για τη δημιουργία του Ναού, κατά θαυματουργό τρόπο.
Για να τοποθετηθεί η Αγία Τράπεζα στο σημείο που βρέθηκε η Ιερή Εικόνα, το Ιερό Βήμα είναι στραμμένο νοτιοανατολικά και όχι ανατολικά που απαιτείται από την Ορθόδοξη Παράδοση. Εντυπωσιακό είναι και το εσωτερικό του Ναού. Στη μαρμαρένια μετώπη του Ναού είναι χαραγμένο «ΜΕΤΑ ΦΟΒΟΥ ΘΕΟΥ ΚΑΙ ΑΓΑΠΗΣ ΠΡΟΣΕΛΘΕΤΕ».
Στον πρόναο, υπάρχει το Αγίασμα. Πρόκειται για μια κρήνη με ιδιαίτερο καλλιτεχνικό στυλ σε σχήμα σταυρού. Από το στόμα τριών Αγγέλων ρέει νερό συνεχώς σε μαρμάρινη λεκάνη. Παράλληλα, υπάρχει χαραγμένη και η γνωστή επιγραφή «ΝΙΨΟΝ ΑΝΟΜΗΜΑΤΑ ΜΗ ΜΟΝΑ ΝΟΨΙΝ» (δηλ. ξέπλυνε τις αμαρτίες σου και όχι μόνο το πρόσωπό σου), η οποία διαβάζεται και αντιστρόφως. Στη συνέχεια, ο προσκυνητής ανέρχεται στο κύριο μέρος του Ναού, το οποίο διαθέτει μια μοναδικότητα και αυστηρότητα. Η Παναγία Τρυπητή πανηγυρίζει την Παρασκευή του Διακαινησίμου (Παρασκευή του Πάσχα), όπου τελείται η λιτάνευση της Ιερής Εικόνας με κάθε μεγαλοπρέπεια και επισημότητα.
